Polski Instytut Naukowy w Kanadzie powstał w 1943 roku z inicjatywy profesora Oskara Haleckiego, światowej sławy historyka i członka Polskiej Akademii Umiejętności (PAU) oraz Wandy Stachiewiczowej, czynnej społecznie w środowisku polskich emigrantów. Do członków - założycieli należał także szereg wybitnych naukowców :

 

 

prof.  W. G. Penfield (Uniwersytet McGill), 

prof. W. Bovey (Uniwersytet McGill), 

prof. R. A. MacLennan (Uniwersytet McGill), 

prof. C. MacMillan (Uniwersytet McGill), 

prof. J. B. Colip (Royal Society of Canada), 

prof. J. Rousseau (Association canadienne pour l'avancement de sciences), 

prof. J. Pawlikowski (École Polytechnique de Montréal), 

prof. B. Szczeniowski (Uniwersytet Montrealski), 

dr T. Poznański (Uniwersytet Laval),

dr T. Brzeziński (konsul RP w Montrealu).

 

​

Początkowo Instytut zaistniał jako Oddział Kanadyjski Polskiego Instytutu Naukowego w Ameryce z siedzibą w Nowym Jorku. Miał on służyć wymianie opinii naukowych między Polakami i Kanadyjczykami oraz występować w obronie wolnej myśli naukowej w Polsce. Rektor Uniwersytetu McGill oraz rektor Uniwersytetu Montrealskiego zostali honorowymi członkami Instytutu, natomiast profesor Penfield - jego pierwszym prezesem. Rodzima uczelnia profesora Penfielda, Uniwersytet McGill, ugościła nowopowstały Instytut na swoim kampusie, gdzie Instytut miał siedzibę do września 2016 roku. 

 

W 1976 r. Oddział Montrealski Polskiego Instytutu Naukowego oddzielił się od Polskiego Instytutu Naukowego w Ameryce i zaistniał jako samodzielna instytucja kanadyjskiej wyższej użyteczności publicznej.